Documentos desclasificados de la CIA obtenidos por Central 9, la Unidad de Investigación Periodística de Grupo Megamedia, demuestran que esta base operó entre 1962 y 1965 para organizar "acciones paramilitares" y de desestabilización contra el Gobierno de Fidel Castro en Cuba.
Además, los documentos revelan que el entonces presidente Adolfo López Mateos autorizó las operaciones de la CIA en Mérida luego de ver las fotos de los misiles nucleares soviéticos instalados en Cuba que le mostró el jefe de esta agencia de Inteligencia en México.